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課程名稱 |
生醫資料探勘
Biomedical Data Mining |
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開課學期 |
101-1 |
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授課對象 |
生物資源暨農學院 生物機電工程學系 |
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授課教師 |
陳倩瑜 |
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課號 |
BME5419 |
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課程識別碼 |
631 U9470 |
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班次 |
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學分 |
3 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期二7,8(14:20~16:20)星期五@(~) |
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上課地點 |
知203 |
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備註 |
週五在自動化中心電腦教室實習
總人數上限：30人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1011BiomedicalDM |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
此一課程在於介紹資料探勘之演算法應用於生醫相關之研究，包括資料正規化/特徵選取/資料分群/資料分類/序列特徵探勘。 |
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課程目標 |
使學生獲得從事生醫資料分析必須之基礎能力 |
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課程要求 |
同學於學期結束前要完成Perl+R的程式撰寫能力測驗 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
每週一 13:00~14:00
每週二 14:00~15:00 |
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指定閱讀 |
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參考書目 |
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評量方式
(僅供參考) |
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No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
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1. |
作業 |
40% |
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2. |
期末專題 |
20% |
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3. |
期中考 |
30% |
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4. |
Perl+R的程式撰寫能力測驗 |
10% |
請跟助教預約考試日期，目前開放時段：星期五1:20pm~2:pm (每週最多三人) 11/09與11/16兩週除外 |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
09/11, 09/14 |
Introduction to Biomedical Data Mining |
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第2週 |
09/18, 09/21 |
Perl and R (HW1: basic R) [Reading assignment: Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. PNAS 1998, 95(25):14863-8] |
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第3週 |
09/25, 09/28 |
Data normalization, basic statistics, clustering (HW2: data pre-processing and visualization) |
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第4週 |
10/02, 10/05 |
Data clustering [Reading assignment: Molecular Classification of Cancer: Class Discovery and Class Prediction by Gene Expression Monitoring] (HW3: hierarchical clustering) |
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第5週 |
10/09, 10/12 |
Data clustering and feature selection (HW4: feature selection and permutation) [Reading assignment: Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response, PNAS 2001 98: 5116-5121] |
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第6週 |
10/16, 10/19 |
Feature selection |
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第7週 |
10/23, 10/26 |
SOM and EM clustering |
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第8週 |
10/30, 11/02 |
Data classification (HW5:SAM and classification) |
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第9週 |
11/06, 11/09 |
GSEA [reading assignment: Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles, PNAS, 2005] HW6: Perl |
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第10週 |
11/13, 11/16 |
Midterm |
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第11週 |
11/20, 11/23 |
Gene regulation and motif discovery (HW7: eTFBS) [Predicting Gene Expression from Sequence, Cell, 117, 185-198, 2004] [Discovering gapped binding sites of yeast transcription factors, Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 105(7), pp. 2527-2532, 2008] |
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第12週 |
11/27, 11/30 |
NGS short reads (Read filtering), http://bioinfo.bime.ntu.edu.tw/~cychen/course/1011-BioDataMining/RNA-seq.html |
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第13週 |
12/04, 12/07 |
NGS De novo assembly [Discovery of genes related to insecticide resistance in Bactrocera dorsalis by functional genomic analysis of a de novo assembled transcriptome, PLoS ONE, 7(8): e40950, 2012] |
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第14週 |
12/11, 12/14 |
Sequence alignment (blast suite) |
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第15週 |
12/18, 12/21 |
Assembly sequence quality, RPKM quantification |
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第16週 |
12/25, 12/28 |
Bias calibration, differential analysis, final project proposal |
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第17週 |
01/01, 01/04 |
1/1 國定假日，1/4 free discussion |
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第18週 |
01/08, 01/11 |
1/8 無課程，1/11: Demo of final projects |
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